Balıkları balıkçınızdan temizlenmiş ve isteğinize göre parçalanmış alabilirsiniz. Ancak balıkçılar küçük balıkları genelde temizlemek istemezler. Pulsuz ve küçük boydaki balıkları temizlerken bıçağa gerek yoktur. Balığı sol avucunuzun içine alıp sağ elinizin işaret ve baş parmağı vasıtasıyla balığın kafasını kopararak ve sonra baş parmağınızı karnına sokup yararak temizleyebilirsiniz. Ardından bol suyla iyice yıkamanız gerekir.Balıkları kılçıklı bırakabileceğiniz gibi, pişireceğiniz yemeğe veya kendi arzunuza bağlı olarak fileto da çıkarabilirsiniz. Bu işlem için karnını yardığınız parmağınızı hiç çıkarmadan kuyruğa kadar yürütmek ve sonra kılçığı ileri geri hafifce oynatıp yumuşak hareketlerle yerinden çıkarmak gerekir. Bu balıklar küçük olduğu için filetoları genelde birbirinden ayırmaya gerek yoktur. Filetoları açık veya kapanmış olarak kullanabilirsiniz. Bunun istisnaları ile filetonun ne şekilde kullanılacağı yemek tariflerinde belirtilmiştir. Sardalya pullu balık olmakla birlikte yine aynı yöntemle ayıklanır. Ancak ayıklamadan önce parmaklarınızla pullarını kazıyabilirsiniz. Bu işlem için bıçak kullanmaya gerek yoktur, çünkü pullar iri ve yumuşak olduğu için parmak temasıyla yerlerinden ayrılırlar.

Uskumra, kolyos, istavrit, çinekop gibi orta büyüklükte ve pulsuz balıklar ise bıçak yardımıyla temizlenmelidir. Anüs üzerine bıçakla küçük bir kesik attktan sonra balığın karnı yarılarak iç organları dışrı çıkarılarak karnı temizlenir. Bu arada solungaçlarının da koparılarak çıkarılması gereklidir. Temizlenmiş balığın içi ve başı bol su ile iyice yıkanmalı ve karın çevresindeki siyah zarlar ile kan pıhtıları bıçak ucuyla iyice temizlenmelidir.

Palamut, torik gibi balıkların karnını tamamen yarmak gerekmez. Anüsün üzerine atacağınız derince bir bıçak kesiğiyle bağırsakların vücuttan ayrılması sağlanır. Karın az yarılarak bıçak ucuyla iç organların tamamı dışarı alınır. Palamut ve torik gibi balıkları iki şekilde doğrayabilirsiniz; dilimlemek veya fileto çıkarmak. Eğer tava veya yahni yapacaksanız balığı 1 parmak (2 ila 2.5 santim) kalınlığında dilimler halinde kesebilirsiniz. Fırın balık için fileto çıkarılması daha iyi olur. Fileto çıkarmak için balığın kuyruk kısmından başlayıp kılçık paralelinde balığı ikiye ayırmak gerekir. Palamut ve toriğin baş kısmında fazla bir şey olmadığından kuyruğu ile birlikte kesip atabilirsiniz. Eğer bu balıklardan lakerda yapacaksanız dilimlerin kalınlığı iki misli yani asgari 4 santim olmalıdır. Lakerda için balık temizlenmesi özel itina ve işlem gerektirir.

Çingene palamutu, uskumru ve kolyoz gibi balıklar yeterince büyük olmadıklarından dilimleme veya filetolama yapılmaz. Ancak çingene palamutları karnı tamamen yarılarak, sırt derisi kesilmeksizin iki yana açılabilir.

Pullu balıkların ise önce pullarının kazınması gerekir. Bu işlem için balığı yatırıp kuyruğundan tutarak bıçağı her iki yanına birkaç defa sürtmek gerekir. Balığın derisinin ve etlerinin zedelenmemesi, balığın kesilmemesi için bıçağı dik tutmak gerekir. İç organlarının temizlenmesi aynen palamutta olduğu gibidir. Balık büyüklüğüne ve yapılacak yemeğe göre bütün bırakılır veya fileto çıkarılır. Pilaki yapılması düşünülüyorsa kalın dilimlere bölebilirsiniz. Lüfer büyüklüğüne göre, kofana ise mutlaka fileto yapılmalıdır. Sarı kanat ise lüferin küçüğü olduğundan iki tarafı boyunca bıçakla çizilerek bütün bırakılır. Çinekopu ise çizmeye dahi gerek yoktur.

Lüfer, çinekop, sarıkanat, kofana, levrek, çipura ve özellikle çorbaya uygun kırlangıç, öksüz, adabeyi ve iskorpit gibi balıkların kafaları koparılmaz. Özellikle ilk gruptaki balıkların yanak ve beyinleri çok lezzetlidir.

Bazı pullu veya pulsuz balıkların derisi oldukça kalındır. Örneğin sinarit veya dil balığı gibi. Bu balıkların derisini komple çıkarabilirsiniz. Bu işleme tulum çıkartma denir. Bu durumda bıçağınızın ucunu kuyruk kısmından derinin altına sokup biraz ayırmak ve sonra oradan tutp yavaş yavaş yukarı doğru çekmek gerekir. Gerekirse arada bıçağınızla tulum çıkartmaya yardım edebilirsiniz. Bu iºlemlerden sonra bolca akan kan temizlenmelidir.

Pullu balıkların temizlenmesinde pullar etrafa saçılır ve eğer bu işlemi mutfağınızda yapıyorsanız etrafı batırır. Bu nedenle balıkçıda temizletmeyi tercih etmelisiniz.